这类显微镜通常采用激光技术，可在不受样本散焦部分干扰的情况下，拍摄高分辨率图像。与传统的落射荧光显微镜相比，荧光共焦显微镜可以观测标本的内部结构。*
*通过目视观察的荧光显微镜

但是，这种设备一般较为昂贵，而且操作难度大，相关人员需要经过大量培训和实践才能熟练使用。